2004年，支付寶從淘寶網分拆獨立，逐漸向更多的合作方提供支付服務，發展成為中國最大的第三方支付平臺。
2003年10月18日，淘寶網首次推出支付寶服務。
2004年12月8日，浙江支付寶網絡科技有限公司成立。
2005年2月2日，支付寶推出“全額賠付”支付，提出“你敢用，我敢賠”承諾。
2008年2月27日，支付寶發布移動電子商務戰略，推出手機支付業務。
2008年10月25日，支付寶公共事業繳費正式上線，支持水、電、煤、通訊等繳費。
2010年12月23日，支付寶與中國銀行合作，首次推出信用卡快捷支付。
2011年5月26日，支付寶獲得央行頒發的國內第一張《支付業務許可證》（業內又稱“支付牌照”）。
2013年6月，支付寶推出賬戶余額增值服務“余額寶”，通過余額寶，用戶不僅能夠得到較高的收益，還能隨時消費支付和轉出，無任何手續費。
2013年11月13日，支付寶手機支付用戶超1億，“支付寶錢包”用戶數達1億，支付寶錢包正式宣布成為獨立品牌。
2013年11月30日，12306網站支持支付寶購買火車票。
2013年12月31日，支付寶實名認證用戶超過3億。
2013年，支付寶手機支付完成超過27.8億筆、金額超過9000億元，成為全球最大的移動支付公司。
來自艾瑞咨詢的數據顯示，自2013年第一季度以來，支付寶在移動互聯網支付市場份額從67.6%逐步提升至78.4%，居第一。截至2013年底，支付寶實名認證的用戶數超過3億。
2013年，支付寶單日交易筆數的峰值達到1.88億筆。其中，移動支付單日交易筆數峰值達到4518萬筆，移動支付單日交易額峰值達到113億元人民幣。
2014年2月28日，余額寶用戶數突破8100萬。
2014年3月20日，支付寶每天的移動支付筆數超過2500萬筆。
2015年，支付寶錢包8.5版，在錢包“探索”二級頁面下，多了一個“我的朋友”選項卡，在進入轉賬界面后，就可以和對方直接發送文字、語音、圖片等信息。
2015年5月27日，支付寶出現大規模故障 回應：杭州光纖被挖斷。
2015年7月8日,支付寶發布最新9.0版本,加入了“商家”和“朋友”兩個新的一級入口,分別替代“服務窗”與“探索”,由此切入了線下生活服務與社交領域。此外,還增加了親情賬戶、借條、群賬戶等一系列功能。
2015年9月25日起，支付寶和麥當勞進行大數據合作，全上海地區的麥當勞將可使用支付寶支付，并將進一步推廣至全國門店。
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